Înregistrări Istorice ale Herpetofaunei, Cartografiate în QGIS (în Missouri, USA)

Proiectul Atlasului Herpetologic Missouri (MOHAP) a fost inițiat în 1997 ca urmare a dorinței de a obține și actualiza cu ușurință hărțile detaliate despre distribuția amfibienilor și reptilelor în Missouri (Statele Unite ale Americii). O bază de date a fost instalată pentru a stoca toate localitățile valide, inclusiv înregistrările publicate în sursele literaturii istorice și specimenele expuse în muzee. Din baza de date, pot fi produse o serie de hărți care reprezintă atât înregistrările pe localitate și pe regiune, pentru fiecare specie.

MOHAP găzduiește un site web la adresa http://atlas.moherp.org/ care descrie proiectul în detaliu și afișează o varietate de hărți statice, toate produse cu QGIS. Un atlas, publicat în format PDF, descărcabil, este lansat periodic, fiind publicat gratuit, în spiritul accesului liber la cercetarea științifică (Daniel, R.E. and B.S. Edmond. 2012. Atlas of Missouri Amphibians and Reptiles for 2011. <http://atlas.moherp.org/pubs/atlas11.pdf>). Hărțile publicate sunt utilizate în munca de teren de către biologi administratori de terenuri și alții, ajutându-i să înțeleagă mai bine distribuția speciilor din Missouri.

În februarie 2013, baza de date MOHAP cuprinde 31495 intrări reprezentând exemplarele adăpostite în 34 de colecții muzeale și citate în 32 de surse ale literaturii istorice; 5118 înregistrări documentate la nivel de regiune; 6884 localități unice și 12866 combinații de specii/localitate. Herpetofauna la nivelul statului este formată din 113 de specii.

Generarea și exportul hărților statice

Procesul de creare a hărților cu QGIS începe cu datele stocate în mai multe tabele PostgreSQL, având activată extensia spațială PostGIS. Deoarece hărțile sunt statice și, în cele din urmă, destinate să fie expuse pe web sau într-un atlas imprimat, acestea sunt generate automat pentru fiecare specie, folosind un plugin QGIS scris în Python (Figurile 1,2).

Custom map generation and export user interface

Interfața cu utilizatorul, pentru generarea hărții personalizate, Hărțile sunt generate și exportate într-un proces în serie.

Hărțile finale ale speciilor au un aspect curat și profesional (figura 3). Pentru a înțelege mai bine distribuția speciilor, sunt create și etichetate, de asemenea, o serie de hărți de bază (figura 4). Datorită modului în care sunt gestionate stilurile în cadrul fiecărui strat de date, straturile de bază ale hărții pot fi incluse într-un set de hărți al unei specii oarecare cu foarte puțin efort suplimentar.

Maps

Hărțile sunt afișate ca imagini statice.

Labelled Level III Ecoregion map for Missouri

Labelled Level III Ecoregion map for Missouri and surrounding states.

Concluzii

La începutul proiectului MOHAP, mai multe instrumente comerciale și proprietare au fost folosite pentru a stoca și procesa datele si pentru a produce hărți pentru publicare. Începând cu 2007, am decis orientarea tuturor aspectelor proiectului înspre aplicațiile cu sursă deschisă. QGIS alături de PHP, PostgreSQL, PostGIS, Python și ReportLab, formează fundamentul MOHAP, care permite proiectului și datelor să coexiste fără complicațiile soft-ului proprietar.

QGIS conține suport nativ pentru PostGIS și o arhitectură de plugin-uri Python, care au fost esențiale în automatizarea generării și exportului hărții. Documentația API vastă a fost utilizată, alături de ghidul de dezvoltare a plugin-urilor, pentru a crea exact ceea ce este necesar pentru automatizare. Sprijinul comunității este, de asemenea, foarte bun și include o gamă foarte mare de plugin-uri partajate, gata de utilizare.

Deși am folosit QGIS doar într-un mod specific, capacitățile sale și extensibilitatea dată de Python sunt arhisuficiente pentru a aborda proiecte mai mari și mai complexe.

Autorul

Brian Edmond

Brian Edmond

Acest articol a fost trimis de Brian Edmond în februarie 2013. Acesta este Senior Systems Analyst in Computer Services la Universitatea de Stat din Missouri. Deține un BS în Biologia Faunei Sălbatice la Universitatea din Missouri, petrecându-și cariera în zona de graniță dintre biologie și tehnologie.